Η Μέριμνα από το 2016 σχεδιάζει και υλοποιεί προγράμματα ενδυνάμωσης εργαζομένων με ασυνόδευτους ανήλικους πρόσφυγες σε συνεργασία με αρμόδιους φορείς και οργανώσεις. Πιο συγκεκριμένα, το 2016, σε συνεργασία με τις οργανώσεις Faros, Βαβέλ και Sοlidarity Now, υλοποίησε ένα πρόγραμμα επιμόρφωσης για 50 εργαζόμενους με παιδιά και οικογένειες προσφύγων και μεταναστών στην Αθήνα, με χρηματοδότηση από το EPIM. Στη συνέχεια, το διάστημα 2017-2021, σε συνεργασία με τη UNICEF, το ΕΚΚΑ, τον ΔΟΜ, και το ΕΚΠΑ, υλοποίησε 7 προγράμματα επιμόρφωσης και κλινικής εποπτείας για εργαζόμενους σε δομές φιλοξενίας ασυνόδευτων ανηλίκων προσφύγων και μεταναστών που διαμένουν σε δομές φιλοξενίας σε όλη την Ελλάδα (Αθήνα, Θήβα, νησιά του Αιγαίου, Κρήτη, Θεσσαλονίκη, Ιωάννινα, Κοζάνη κα.).

Η κλινική εποπτεία απευθυνόταν σε περίπου 100 επαγγελματίες διαφορετικών ειδικοτήτων (συντονιστές, ψυχολόγους, κοινωνικούς λειτουργούς, νομικούς, εκπαιδευτικούς, φροντιστές), οι οποίοι εργάζονταν σε ξενοδοχεία της βορείου Ελλάδας που φιλοξενούσαν ασυνόδευτους εφήβους.

Η εκπαίδευση απευθυνόταν επίσης σε επαγγελματίες διαφορετικών ειδικοτήτων και αφορούσε σε θέματα λειτουργίας των δομών φιλοξενίας, στις βασικές αρχές για την αποτελεσματική στήριξη ασυνόδευτων παιδιών και εφήβων, στη διαχείριση των απωλειών τους και των δυσκολιών που βιώνουν λόγω της παρατεταμένης «μετέωρης» κατάστασης στην οποία βρίσκονται, καθώς ατενίζουν ένα αβέβαιο μέλλον.

Επίσης, κατόπιν εκτίμησης των αναγκών των εργαζομένων στο πεδίο (Έκθεση Μέριμνας, Δεκέμβριος 2018), αναδείχθηκαν τρία σημαντικά ζητήματα, στα οποία οι εργαζόμενοι εξέφρασαν την ανάγκη για περαιτέρω γνώση και υποστήριξη: (1) διαχείριση συγκρούσεων και βίας, (2) στήριξη εφήβων που αυτοτραυματίζονται και (3) διαχείριση του εργασιακού στρες. Αναπτύχθηκε εκπαιδευτικό υλικό για κάθε μια από τις προαναφερόμενες θεματικές, το οποίο αξιολογήθηκε στη συνέχεια μέσω εκπαιδευτικών σεμιναρίων.  Το αποτέλεσμα αυτού του έργου ήταν η έκδοση 3 εγχειριδίων στα ελληνικά και στα αγγλικά. Μέχρι τα τέλη του 2021, η Μέριμνα έχει εκπαιδεύσει, στις θεματικές αυτές, περίπου 2.000 εργαζόμενους σε δομές φιλοξενίας ασυνόδευτων ανηλίκων προσφύγων και μεταναστών σε όλη την Ελλάδα.

Η πρωτοβουλία αυτή έχει βρει πολύ θετική ανταπόκριση στους συντονιστές δομών φιλοξενίας, στους εργαζόμενους και στην ευρύτερη κοινότητα που υποστηρίζει ασυνόδευτους ανήλικους πρόσφυγες. Η Μέριμνα, έχει κληθεί και από άλλους φορείς που παρέχουν υπηρεσίες σε ασυνόδευτους ανήλικους πρόσφυγες, να παρέχει εκπαίδευση στις παραπάνω θεματικές.